De 1995 à 2009, il a, à la tête de l’A’URBA, participé à la définition de tous les grands programmes qui, tant en matière de déplacements que d’urbanisme et d’habitat, régissent aujourd’hui le développement de la métropole. Francis Cuillier a en particulier élaboré le schéma directeur des déplacements urbains communautaires, phase préparatoire à la réalisation du tramway bordelais. Cette implication lui a d’ailleurs valu la reconnaissance de ses pairs avec l’attribution, en 2006, du Grand prix de l’urbanisme.
Alain Juppé adresse à la famille de Francis Cuillier ses plus sincères condoléances.